Zavod za inženjerstvo okoliša utemeljen je 1999. pod nazivom Zavod za industrijsku ekologiju, a od 2006. djeluje pod sadašnjim nazivom. Zavod je utemeljila prof. dr. sc. Jelena Perić, koja je sve do umirovljenja 2014. obavljala funkciju njegove predstojnice. U okviru Zavoda objedinjuje se nastavna, znanstvenoistraživačka i stručna djelatnost programski vezana za održivi razvoj i zaštitu okoliša. Od samog osnutka, u Zavodu se provodi postupno kadrovsko popunjavanje, opremanje laboratorija za znanstveni rad i studentske vježbe, uvode novi i osuvremenjuju postojeći nastavni programi. Kadrovsko osnaživanje provodilo se isključivo preko znanstvenih novaka i razvojnih radnih mjesta. Tako je prof. dr. sc. Marina Trgo primljena kao znanstvena novakinja 1996., izv. prof. dr. sc. Nediljka Vukojević Medvidović, 2001., poslijedoktorandica dr. sc. Ivona Nuić, 2006. te poslijedoktorand dr. sc. Marin Ugrina, 2009. i trenutno svi sudjeluju u znanstvenoistraživačkoj i stručnoj djelatnosti Zavoda. Također, u Zavodu radi i viša laborantica Renata Dumanić. Redovita profesorica u trajnom zvanju dr. sc. Jelena Perić je nakon umirovljenja izabrana u počasno zvanje professor emerita.

Nastavnici Zavoda sudjeluju u izvođenju nastavnih sadržaja kroz veliki broj predmeta na svim razinama studija: stručni, preddiplomski, diplomski i poslijediplomski. U skladu s neprekidnim razvojem znanosti i novih postignuća, posebice vezano za područje održivih tehnologija i zaštite okoliša,  kao i napredovanjem mladih nastavnika, nastavni sadržaji su se osuvremenjivali i uvodili novi kolegiji. Najveće promjene su se zbile reformom i usklađivanjem studija po bolonjskom procesu akademskoj godine 2005./2006. Nastavnici Zavoda održavaju nastavu na šest različitih studija. Na preddiplomskom studiju kemijske tehnologije, smjer Kemijsko inženjerstvo obuhvaća predmete: Industrija i okoliš i Zaštita voda. Na diplomskom studiju Kemijske tehnologije na smjerovima Materijali, Zaštita okoliša i Mediteranske kulture, predaje se Projektiranje procesa, na smjeru Zaštita okoliša Inženjerstvo otpadnih voda, a na smjeru Mediteranske kulture, predmet Tehnologija vode i Inženjerstvo otpadnih voda. Na stručnom dodiplomskom studiju kemijske tehnologije, smjer Kemijska tehnologija i materijali predaje se predmet Industrijske otpadne vode, a na smjeru Prehrambena tehnologija Voda u industriji. Na poslijediplomskim znanstvenim studijima  Fakulteta izvodila se nastava iz više kolegija; ranije iz predmeta: Teorijski osnovi proizvodnje glinice i aluminija, Procesi metode pročišćavanja otpadnih voda, Procesi taloženja. Na sadašnjem poslijediplomskom doktorskom studiju Kemijsko inženjerstvo u razvoju materijala i zaštiti okoliša, usklađenom s bolonjskim procesom predaju se kolegiji: Procesi taloženja, Napredni procesi pročišćavanja otpadnih voda i Prirodni zeoliti u zaštiti voda.

Nastavnici Zavoda također održavaju ili su održavali nastavu i na drugim fakultetima na dodiplomskom i poslijediplomskom studiju (Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja Sveučilišta u Splitu, sada Prirodoslovno matematički fakultet u Splitu i Građevinski fakultet Sveučilišta u Splitu, sada Građevinsko-arhitektonski fakultet), te na veleučilištu Marko Marulić u Kninu.

Znanstvenoistraživačka djelatnost Zavoda se provodila kroz znanstvene projekte, koje je u početku financiralo Ministarstvo znanosti i tehnologije RH. Projekt "Silikatni, karbonatni i slični sustavi" započeo je  1997. u okviru Zavoda za anorgansku tehnologiju i nastavljen do 2002. kao zajednički projekt znanstvenika Zavoda za Inženjerstvo okoliša i Zavoda za inženjerstvo okoliša. Od 2002.-2007. Zavod ima samostalni projekt "Prirodni zeoliti u zaštiti okoliša", te od 2007. -2013" Prirodni zeoliti u zaštiti voda". Od 2014. odobren je znanstvenoistraživački projekt "Natural zeolites as a reactive barrier for landfill leachate treatment-NAZELLT" financiran od Hrvatske Zaklade za znanost (Research Projects IP-11-2013-4981). Također u okviru Zavoda su se provodili i provode se bilateralni projekti: hrvatsko-srpski bilateralni projekt "Development of new Fe(III) modified natural zeolite for for environmental application (2008.-2010.); hrvatsko-slovenski bilaterani projekt  "Application of natural zeolite for remediation of mercury contaminated soil (2016.-2017.) te hrvatsko-srpski bilateralni projekt "Low-cost sorbents as a potential materials for in situ remediation of heavy-metal contaminated groundwater" (2016.-2017.)

Za provedbu laboratorijskih istraživanja, Zavod ima, uz standardnu laboratorijsku opremu, potrebnu opremu za provedbu eksperimenata i praćenje ispitivanog procesa (uređaj za suho prosijavanje s pripadajućim sitima Retsch , inkubatorska tresilica Heidolph, bioreaktor- Biostat, titrator Metrhom, ionski kromatograf Metrohom 761 IC, UV-Vis spektrofotometar Perkin Elmer, Lambda EZ 201).

Istraživanja su vezana na određivanje fizikalno-kemijskih svojstava i primjene prirodnih i modificiranih zeolita u razvoju održivih tehnologija obrade otpadnih voda za uklanjanje teških metala iz otpadnih voda. Provode se različite metode modifikacije prirodnog zeolita s visokim udjelom klinoptilolita, s ciljem povećanja učinka uklanjanja i trajne imobilizacije iona teških metala na zeolitu. Dosadašnja istraživanja uklanjanja teških metala Pb, Zn, Cd, Cu i Hg iz jednokomponentnih i dvokomponentnih vodenih otopina na zeolitu učinkovito su provedena šaržnim postupkom i postupkom u koloni. Ispitivan je utjecaj različitih procesnih parametara na ravnotežu i promjene entalpije i slobodne Gibbsove energije ionske izmjene te višestruka sorpcija/desorpcija teških metala u različitim elektrolitnim otopinama pri različitim pH vrijednostima. Također je ispitan utjecaj protoka i koncentracije otopine kao i visine sloja zeolita na kapacitet vezanja postupkom u koloni. Matematičkom obradom eksperimentalnih rezultata različitim empirijskim matematičkim modelima, dobio se uvid u mehanizam koji određuje ukupnu brzinu procesa. Na temelju testiranih kinetičkih modela predviđene su krivulje proboja za druge eksperimentalne uvjete i utvrđena  karakteristična veličina za modeliranje i povećavanje procesa u koloni. Ova istraživanja su značajna kako sa znanstvenog aspekta, tako i primjene zeolita kao potencijalnog materijala za permeabilnu reaktivnu barijeru.

Rezultati istraživanja su objavljeni u znanstvenim međunarodnim časopisima,  znanstvenim knjigama, zbornicima radova s međunarodnih i domaćih znanstvenih skupova. Održana je jedno plenarno predavanje, više pozvanih predavanja i mnogobrojna posterska izlaganja na međunarodnim i domaćim znanstvenim skupovima.

Iz područja znanstvenoistraživačkog rada, u Zavodu su izrađeni brojni diplomski i završni radovi, te magistarski i doktorski radovi. Nekoliko diplomskih i završnih radova su izrađeni u suradnji s Laboratorijem za vode Nastavnog zavoda za javno zdravstvo Županije splitsko-dalmatinske i u Vodovodu i kanalizaciji d.o.o.-UPOV "Stupe" Split.

Stručna djelatnost usmjerena je k rješavanju konkretnih problema u zaštiti okoliša, a najviše vezano za otpadne vode i na tehnološka poboljšanja postojećih uređaja za pročišćavanje otpadnih voda. Djelatnici Zavoda su izradili više stručnih analiza, elaborata i operativnih planova  intervencija u zaštiti okoliša.